菌肥的使用越来越普遍，能改良土壤、防治病害，是经科学配方、组合加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥。
施用菌肥应注意以下几个方面：
1、因地制宜：对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果更明显。
2、因温制宜：施用菌肥的最佳温度是25℃～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌最适宜土壤的含水量是60%～70%。
3、因混制宜：应注意，不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。
4、因量制宜：对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。
5、因时制宜：生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7～10天施用，效果最佳。
施用菌肥要注意以上问题，合理使用菌肥，才能起到改良土壤、防治病害的功效，农民才能有个丰收年。
有机肥施肥误区
误区之一：生粪直接施用
误区之二：过量施用。1、烧苗、致使土壤中磷、钾等养分大量集聚，造成土壤养分不平衡；2、土壤中硝酸根离子集聚，致使作物硝酸根盐超标，土壤溶液浓度高，不利于根系吸水。
误区之三：有机、无机配合不够。有机肥料养分全面，但含量低，在作物旺盛生长期，单独施用不能充分满足作物对养分的需求。
误区之四：喜欢用量大，价格便宜的有机肥料。田间自然堆熟的有机肥料经长时间的发酵及雨水淋溶作用，会养分养分损失，这类肥料虽然体积大，重量多，但真正能供给土壤的有机质和养分并不多。同时，伪劣有机肥料制造的手段多样且较简单，如往畜禽粪便中掺土、砂子等，向草炭中加入化肥等。
生物菌肥施肥误区
误区之一：根据田间实际状况对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。
误区之二：根据土壤墒情施用菌肥的最佳温度是25℃～27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果较差。同时还应掌握固氮菌适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度最为适宜。
误区之三：不能和其他农药混用为防止活菌致死注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
误区之四：与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
误区之五：因量制宜对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代理应做到第一、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
