1、温汤浸种。将种子放在55℃热水中浸泡15~30分钟，55℃为病菌的致死温度，浸烫种子后，可基本杀死种子表面病菌，也可钝化西瓜花叶病毒。
2、药剂拌种。可用30%多·福可湿性粉剂拌种，杀死种子表面部分病菌。
3、基质育苗。采用基质育苗，要求基质质地疏松、透气性好，浇水后多余水分可通过穴盘下方小孔排出，降低了基质湿度，从而减轻病害发生。
4、电热线加温。在穴盘下方铺电热线加温，既可提高苗床温度，促苗早发，又可促进水分蒸发，降低湿度。
5、人工补光。遇连续阴雨天气，或棚内透光率较低时，可在棚内挂白炽灯补光，增强光合作用，提高植株抗病能力。
6、适时通风。在确保瓜苗正常生长的情况下，白天揭去覆盖物，晴天中午揭膜通风，降低苗床湿度。当温度超过25℃时，揭开大棚裙膜通风，揭膜时应揭背风口一侧，防止降温幅度过大造成“闪苗”,导致僵苗不发。
7、药剂防治。瓜苗子叶刚展平、真叶尚未露出时，可用72.2%霜霉威水剂400倍液或72%霜脲氰·锰锌800倍液喷雾；或用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液加75%百菌清可湿性粉剂800倍液喷雾防治，遇连续阴雨天或棚内湿度较大时，可拌干细土撒施。
