一是清洁仓库环境，进行消毒处理。
二是将种子风干去杂，在阳光下晾晒后过筛，去除易吸温返潮的杂质。
三是贮藏地点必须通风干燥，下面用隔潮物垫底。采取囤藏的必须把芝麻种子堆平并覆盖防潮物如麻布、防雨布等。
入库后要经常检查堆中的温度变化，一般只要种子干燥且防潮措施较好，种子温度变化不会太大。这是由于种子的呼吸作用会逐渐耗尽种子堆中的氧气，使二氧化碳增多。种子的呼吸作用减弱后可以减少种子内部物质的消耗，同时可抑制好气性霉菌的生长，保证种子的品质。冬季气温低，在贮藏过程中应打开仓库进行通风，使种子温度尽可能地降至最低。
