1、辣椒苗期的主要病害为猝倒病、立枯病。防治方法为：（1）播种前用1%硫酸铜浸种进行种子处理。（2）苗齐喷施绿亨一号预防病害发生。（3）发病初期可用75%百菌清可湿性粉剂600-800倍液或普力克、克露、金雷多米尔等药剂防治。
2、地下害虫（地老虎、蛴螬等）主要为害近地面的茎部，可使椒苗整株死亡。（1）诱杀防治，通过黑光灯诱杀成虫。（2）化学防治，地老虎1~3龄幼虫期抗药性差，且暴露在寄主植物或地面上，是药剂防治的最佳适期，可用25％溴氰菊酯或20％氰戊菊酯2000倍液、90％敌百虫600倍液、50％辛硫磷800倍液喷雾防治。
3、蚜虫：蚜虫在辣椒上是吸植物汁液，造成叶片卷缩变形，危害惨重。另外，蚜虫还传播病毒病，造成的危害更大，防治是用辟蚜雾、吡虫啉等，喷叶背，也可配合黄板诱杀。
4、斑潜蝇：采用黄板诱杀、也可用灭蝇胺喷雾防治。
