苹果霉心病防治关键是花旗喷药预防以降低果实带菌率，采收后及时冷藏以控制病情发展。
一是加强栽培管理，增强树势，提高树体抗病能力。搞好果园卫生，特别是花期卫生。开花前彻底清除树上修剪下来的树梢、落叶等枯死组织。
二是药剂防治：在苹果初花期、落花70%~80%时，各喷施1次68.75%易保水分散粒剂1000倍或1.5%多抗霉素可湿性粉剂200~300倍，可基本控制该病害。花期用药，时间越早效果越好，完全落花后喷药几乎无效。三是低温贮藏。在1~3度下贮藏果实，基本控制病菌生长蔓延，避免采后心腐果形成。
