通过筛选、风选、药剂拌种等方法消除菌核和杀灭种子表皮病菌。水旱轮作，避免苗床大田不重茬。开沟排渍，做到雨住田干。油菜花期是防治油菜菌核病的关键时刻油菜菌核病菌已对多菌灵类产生抗性，使用菌核净、腐霉利、万霉灵、敌力脱单剂及其复配剂等效果好。
