1.种子处理选用抗青枯病品种，选用无病种子。种子消毒可将种子在70～73℃下干热处理3～4天，或在53～55℃下温汤处理20～30分钟，或用浓度7000毫克／千克的中性次氯酸钙溶液浸渍处理60分钟，或将种子放入10％磷酸三钠溶液中浸泡15～20分钟，捞出后用清水冲洗，催芽后播种。
2.实行轮作对于连年发病地块，可实行在一定区域内停止种番茄4年以上，与十字花科或禾本科作物4年以上轮作。轮作的同时，要保证区域内灌溉用水源头及沿线无茄科青枯病发生，水中无病菌。
3.苗床消毒选择高燥无病地作苗床，选择无病地育苗。也可对苗床用药剂消毒，用40％浓度的甲醛加水50倍，按20～40升／平方米用量施于苗床，并覆盖闷闭3天，再通风凉干2周，使甲醛完全挥发，即可使用。最好育过冬苗，适期播种培育壮苗，移栽时幼苗宜多带土，少伤根。
4.土壤消毒移苗时用链霉素水溶液做坐窝水灌根，1克的72％硫酸链霉素可溶性粉剂加水15升，浇移植苗80株。但栽培田大面积进行土壤消毒，成本高。
5.生态防治对于设施栽培，应加强温湿度管理。出苗期保持温度白天22～25℃，夜间15～18℃，移栽炼苗时遇高温可通风降温，白天可逐渐由25℃到18℃到12℃，夜间12℃，有利于培育壮苗。温室湿度超过70％时，注意通风降温。同时，可根据不同天气条件早揭晚盖不透明物，调节温室光照，有利于温湿度的控制。
6.加强管理选择富含有机质、土层深厚的壤土或沙壤土栽培番茄，避免在质地黏重的土壤中种植，质地黏重的土壤干湿交替时伤根严重，容易造成病菌感染。对酸性土壤，在做畦时每亩施入生石灰100千克，定植后在秧苗基部周围再撒一把石灰，调节土壤PH至7以上。合理施用氮肥，增施钾肥，施用充分腐熟的有机肥或草木灰、或“5406”3号菌500倍液，必要时用10毫克／千克硼酸液作根外追肥，能促进寄主维管束的生长，提高抗病力。采用高畦栽培，或起垄覆盖地膜栽培，保持土壤湿度均匀，疏松透气。加强排水，避免大水漫灌，大水漫灌不仅传病，而且由于导致棚内湿度提高，容易引发其他病害，加重病害的发生。同时，要避免土壤过分干燥时浇大水。中耕培土提前到苗期根还未伸展时进行，进入开花期根展开后尽量不要培土和中耕，避免伤根，防止病菌从伤口侵入。田间发现病株要及时清除并烧毁，然后在病穴处撒20％的生石灰，或2％甲醛溶液消毒。处理病株的工具及其他物品必须用肥皂水浸泡消毒。
7.嫁接防病在重病区，建议利用赤茄、野生番茄、砧木一号等作砧木，采用劈接或靠接的方法进行嫁接栽培，是目前生产中防治番茄青枯病的有效措施。
8.化学药剂防虫由于该病常因地下害虫，如跳甲类昆虫的幼虫和一些线虫为害蔬菜根部，造成许多细小的伤口，使青枯细菌趁虚而入，从而诱发青枯病。故应同时用50％辛硫磷乳油500倍液（或其它杀虫剂）灌根。每隔5～7天使用一次，连续使用2～3次。
9.化学药剂防病
浸根：定植时，用青枯病拮抗菌MA－
7、NOE－104，进行大苗浸根。
喷雾：发病前，可选用25％琥胶肥酸铜可湿性粉剂500～600倍液，或70％琥·乙膦铝可湿性粉剂500～600倍液、80％百菌清可湿性粉剂600倍液、77％氢氧化铜可湿性粉剂800倍液、72％硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液、47％春雷·王铜可湿性粉剂1000倍液等喷雾，每7～10天喷一次，连续喷3～4次。没有发病的番茄也用上述药剂进行保护性喷雾。
灌根：发病初期，可选用3％中生菌素可溶性粉剂600～800倍液喷雾，或72％硫酸链霉素可溶性粉剂或新植霉素4000倍液、50％敌枯双可湿性粉剂800～1000倍液、50％琥·乙膦铝可湿性粉剂400倍液、86.2％氧化亚铜可湿性粉剂1500倍液、10％苯醚甲环唑水分散粒剂2000倍液、25％青枯灵可湿性粉剂800倍液、20％噻菌铜悬浮剂600倍液、80％波·锰锌可湿性粉剂500～600倍液、12％松脂酸铜乳油500倍液、25％络氨铜水剂500倍液、77％氢氧化铜可湿性微粒剂400～500倍液、50％琥胶肥酸铜可湿性粉剂400倍液、88％水合霉素可溶性粉剂500倍液等灌根，每株灌配制好的药液300～500升。每隔10～15天一次，连灌2～3次，注意交替用药。在发病前或发病初期用药防治，重点对发病中心植株灌根，将病情封锁，防止蔓延。重病田视病情发展，必要时增加用药次数。
