稻纵卷叶螟充分发挥水稻生长前期的自身补偿能力和天敌控害作用，重点防治水稻中后期主害代。蛾始见期起设置性信息素，蛾高峰期人工释放稻螟赤眼蜂压低种群数量；卵孵化始盛期优先选用苏云金杆菌或球孢白僵菌等生物农药，或低龄幼虫高峰期选用对天敌安全的化学农药，细水喷雾施药，防治指标为百丛水稻有束叶尖60个。
螟虫春季越冬代螟虫化蛹期翻耕灌水沤田，降低虫源基数，从越冬代开始，各代蛾期应用昆虫性信息素诱杀成虫，蛾高峰期释放稻螟赤眼蜂，卵孵始盛期应用苏云金杆菌防治。防治二化螟幼虫，分蘖期枯鞘丛率达到8～10%或枯鞘株率3%时施药，穗期在卵孵化高峰期施药，重点防治上代残虫量大、当代螟卵盛孵期与水稻破口抽穗期相吻合的稻田。防治三化螟，在水稻破口抽穗初期施药，重点防治每亩卵块数达到40块的稻田。
稻瘟病重点落实适期预防措施，在水稻分蘖期至破口期施药预防叶瘟和穗瘟。种植抗病品种，实行品种多样化种植，搞好种子消毒，避免偏施和迟施氮肥。注意异常天气时稻瘟病发生动态。常发区秧苗带药移栽，分蘖期田间初见病斑时施药控制叶瘟，破口前3～5天施药预防穗瘟，气候适宜时7天后第2次施药。提倡使用高含量单剂，避免使用低含量复配剂。
纹枯病加强肥水管理，搞好健身栽培，分蘖末期晒田。药剂防治重点在分蘖末期至孕穗抽穗期，当田间病丛率达到20%时施药防治。
稻曲病提倡种植抗（耐）性品种，合理施肥，提高水稻抗病性。重点在水稻孕穗末期即破口前7～10天施药预防，如遇多雨等适宜天气，7天后第2次施药。
南方水稻黑条矮缩病和锯齿叶矮缩病在单季稻和晚稻秧田期及本田初期预防，重点做好药剂拌种或浸种，集中育秧，防虫网或无纺布秧田全程覆盖育秧，秧苗带药移栽，秧田和本田初期带毒稻飞虱迁入时适时防治。稻飞虱终年繁殖区晚稻收割后立即翻耕，减少再生稻、落谷稻等冬季病毒寄主植物。
条纹叶枯病和黑条矮缩病种植抗病品种，适当推迟播栽期，药剂拌种或浸种，防虫网或无纺布覆盖集中育秧，秧苗带药移栽。注意防治前作麦田、田边杂草、秧田和移栽初期灰飞虱。
白叶枯病种植抗（耐）病品种，重点采取“种子消毒、培育无病壮秧、加强水肥管理、防淹、防窜灌、药剂控制发病中心”的综合防治措施。病害常发区，感病品种在台风、暴雨过后及时全面施药防治。
