番荔枝果实黑变，严重影响了商品品质。据调查，造成番荔枝果皮黑变的原因主要有物理性伤害、化学性伤害、日伤、冻伤、虫害及其他不明因素等。非病原菌引起的黑变，除虫害外，黑变都只局限于果皮及鱗目，果肉组织不受影响，也不会传染，外观上容易判别。
物理性伤害主要为风疤及擦伤。这一类型的黑变，变色伴随伤痕出现，只要能注意防风及适当留果即能避免。
化学性伤害通常是由于农药或化学药物使用不当，不过因目前农药种类繁多，究竟还有哪些会造成果实伤害，无详细资料可考。在施用未曾用过的药物前，可先小规模试用，此一现象应不致全面发生。
日伤主要发生于向阳面的夏期果，被灼伤的果皮呈淡赤色，后为黑色，由发生的部位及呈现的症状不难鉴别。
冻伤发生于少数品种的冬期果，发生时整株的果实变成紫黑色，但皮下组织及果实发育与成熟不受影响，此一现象在一般栽培的品种上罕见。
可以引起果实变色的昆虫有蓟马、螨蜱类及斑螟蛾。蓟马于幼果期锉吸果实，造成褐色细条状锉食疤痕；螨蜱类为害则使果皮形成粗糙的黑褐色细点；斑螟蛾产卵于果实上，起先会排出褐色黑色粪便，果实并逐渐变黑，终至干枯。
非病原菌引起的黑变，目前最普遍的一种是果实表皮组织出现许多小黑点，皮下的鱗目组织则呈淡褐色细点，但黑色的深度仅及于表层，不扩展到较深的鱗目及果肉组织。此种现象通常出现于果实底部或侧面，发生的程度不一，有的只是局部出现，有的则几近全果都有。小黑点出现太密时，感觉上如一片黑斑，这种现象并不阻碍果实的发育与成熟，但对于商品价值影响很大。据调查，这种异常现象主要发生于7~9月间的夏期果，冬期果罕见。由于自然黑变组织上始终无法分离到病原，又由其发生的情况判断，该现象应是一种生理障碍。但其真正的原因到目前还无法确定。可能是高温期水分失调所引起。通过加强果树的肥培管理，尤其是多施用有机肥料，适度的果园覆盖，或施行生草栽培，此一疑难症状或许有希望获得缓解。
此外，番荔枝植株如因其他病害导致梢枯或整株枯死，未成熟的果实会因得不到水、养分逐渐变黑硬化，疏果时剪下的果实，通常也会在5~7天内全果变黑、硬化。这一类型的黑变，果肉组织一般呈脱水状干枯，初期不变成黑褐色，与病菌感染明显不同。但外观上有时也常会造成混淆。
由病原菌直接感染果实所造成的黑变，病斑会逐渐扩大，扩大的速度与病变的程度随病菌种类不同而异，病变后期在患部上常见病原菌菌丝体或孢子堆，只要详细观察，不难与上述各症状区别。
