油菜菌核病是油菜的最重要病害之一，苗期到成熟期都会发生，但以终花期到成熟期发病较重。病菌为害油菜的叶和叶柄、茎杆、花和荚，以茎杆发病最重。控制菌核病发生和为害必须因地制宜采取综合防治措施。
1、选用良种：选用早熟、抗病、优质高产的油菜品种。播种前认真做好种子处理，消除种子上的菌核。
2、远离寄主：菌核病的病菌寄主范围广，除十字花科蔬菜外，莴苣、胡萝卜、紫云英和番茄等都易感染。因此，油菜地要尽可能与寄主作物远离，防止和减少病菌的传染。
3、轮作换茬：油菜地尽可能避免连作，最好实行水旱轮作，以减少田间菌核量。
4、改善群体结构：用宽窄行方式移栽，宽行50—60厘米，窄行20—30厘米，亩移栽1000—1200株，以改善通风透光条件。
5、科学施肥：增施有机肥和磷钾硼肥，适当施用氮素化肥。
6、清沟排渍：开通畦沟、腰沟、围沟和出水主沟，做到降雨无明水、天晴无暗渍，降低田间湿度，防止因渍害而加重病害。要及时摘除病叶、老叶，带出田间深埋，以减少菌源和改善通风透光。
7、药剂防治：油菜花期是最易感病期。去冬今春气温偏低，预计油菜花期将比往年推迟，始花至盛花期将在3月中旬至下旬，也是防治的关键时期。当病茎株率达1%以上或病叶株率达10%以上时，须及时施药防治。每亩用40%菌核净可湿性粉剂500倍液，或50%多菌灵500倍液，或70%甲基托布津500—600倍液喷雾。
8、改进收割方式：油菜菌核有50%—90%集中在茎干基部5寸以下，在重病区和重病田油菜成熟时，要将枯株连根拔起，不让菌核脱落田中。
