水稻根系属于须根系，可分为种子根（胚根）和节根（不定根、冠根）两种。种子根直接由胚的胚根长成，垂直向下生长，作用是吸收水分、支持幼苗，一般待节根形成后即萎枯。节根是从植株基部茎节（包括分蘖节）上长出的不定根，数目甚多，是水稻根系的主要部分，因其环生于节部，形似“冠”状，故又称冠根。直接由茎节上伸出的称一级根，自一级根伸出的称二级根，依次可以生出六级根。
水稻根系的分布，因不同生育时期而不同。在分蘖期，一级根大量发生，多数在0-20厘米土层内横向扩展呈扁椭圆形；在拔节期，分支根大量发生，并向纵深发展；至抽穗期，根系转变为倒卵圆形，横向幅度达40厘米，深度达50厘米以上；在开花期活动能力逐渐减退；接近成熟期时，根系吸收养分的能力几乎完全停止。根据水稻根系生长情况判断水稻是否健康比较直接，一般地说，白根有劲、黄根保命、黑根有病、灰根要命。白根一般都是新根或是老根的尖端部分，这些根泌氧能力强，能使周围的土壤呈氧化状态，形成一个氧化圈，将其周围的可溶性二价铁氧化成三价铁沉淀，使其不聚积在根的表面，保持了根的白色。白根有很强的生理功能，生命力和吸收能力都很强，所以说，白根有劲。黄根一般出现在老根和根的基部表面。这些根因为老化，外皮层细胞壁增厚，三价铁沉积在根上，成为黄褐色铁膜。这层铁膜有保护作用，可防止有毒物质浸入根的内部，但这种根系吸收能力大大减弱，所以说，黄根保命。
长期淹水以后，由于土壤内氧气不足，二价铁较多，同时，有机质进行嫌气分解，产生硫化氢等一系列有毒物质。当硫化氢和二价铁相结合时，便生成硫化亚铁（黑色）沉淀在根表，使根变成黑色。这种根生理功能进一步衰退。所以说，黑根生病。
若土壤缺少铁元素，硫化氢得不到消除，能抑制根系的呼吸作用和吸收功能，使稻根中毒死亡。硫化氢中毒症状是，拔起稻苗观察根系呈灰色水渍状，有臭鸡蛋气味，所以说，灰根要命。