在菜地施用有机肥，不但可以提供养分，提升菜地土壤的有机质与缓冲性能，还起到减轻土传病害和重茬障碍等多方面的重要作用。所以，在蔬菜生产的过程中从来都重视有机肥的施用。
1.施用的安全性。例如，垃圾类有机肥中常含有重金属及放射性物质等污染物；动物粪尿类有机肥，由于饲料添加剂的残留也会有一定含量的重金属，如锌、铜、砷等；此外，秸秆类有机肥中往往还含某些病原微生物，如有害病菌和虫卵等。从市场调查中还发现，有的商贩为了使有机肥体积膨大，在粪尿肥中加入碱，这些碱性过强的有机肥会影响蔬菜生长等。一旦将这些问题有机肥施用到菜地，可能导致蔬菜产品中有害成分超标，构成对食品及环境安全的威胁。
2.有机肥种类单一，多为鸡粪猪粪等畜禽粪尿类；以鸡粪为例，含氮磷养分较多，而C/N比很低，这对土壤结构的调节功能是不足的。
3.施用的数量大，养分投入过量，尤其氮肥、磷肥投入过量，致使局部地区已出现环境问题。例如，由于粪尿类、食品加工残渣类有机肥都有含盐量较高的特点，所以有机肥过量施用可能会导致土壤盐分累积。已有报道表明，温室大棚生产中，每年至少每公顷施用有机肥75-150吨，相当于向每公顷土壤投入了净盐510-610公斤，长年不断施用，土壤含盐量就会逐年增加。
