小麦黑穗病主要在小麦穗部逐渐发病，病穗比健穗更早抽出。小麦黑穗病病害会通过花器侵染产生系统性病害，病害种子会随着病菌进行蔓延。
小麦黑穗病在种子内会随着小麦一起生长，渐渐侵染穗原的底部，在孕穗期时，会在小麦穗内迅速的生长发育。从而，渐渐的破坏小麦的花器，病穗上的小穗会全部受毁或部分受毁，小麦上部会残留部分健穗，一般主茎及分蘖都出现一定的病穗，在小麦的抗病品种上会有分蘖而不发生病害。小麦在扬花期时，薄膜破裂会散出黑粉，逐渐随风进行传播到健株的花器柱上，侵入小麦的种子胚中，造成小麦的内部带菌的生长。小麦在生长期间湿度大，更有利于引发病害的威胁。
应及时的采取措施，有效的防治小麦黑穗病的威胁。选用好小麦的优质麦种后，采用优质生石灰0.5kg，溶在50kg水中，滤去好的麦种30kg，在水面高出种子10-15cm，侵种子后不可在用清水进行冲洗，及时进行晾干即可。及时的选用药剂进行拌种，选用63%的75%萎锈灵可湿性粉剂拌种，或用种子重量0.08%-0.1%的20%三唑酮乳油拌种。也可用40%拌种双可湿性粉剂0.1kg，拌麦种50kg或用50%多菌灵可湿性粉剂0.1kg，兑水5kg，拌麦种50kg，拌后堆闷6小时，可以有效的防治小麦黑穗病，使得小麦能够正常生长。
