目前华中区域基地秋季的辣椒品类主要为薄皮椒和果肉较厚的菜椒系列，其它品类有部分螺丝椒和线椒，菜椒系列品种产量高，抗病虫害能力强，耐高低温，但是果型差强人意，薄皮椒果型好，产量高，但是相对而言耐低温能力稍弱。
移栽后的管理主要内容：
1.补苗以及缓苗期水的供应。
华中区域基地秋季辣椒七月份育苗，八月上中旬开始移栽，因为育苗季节温度比较高，所以苗期水的供应太多容易引起辣椒苗的严重徒长，这样会导致移栽后辣椒苗缓苗较慢。近期是育苗的高峰期，要做的工作为育苗穴盘遮阳控温，保证辣椒种子的出苗率，出苗后注意穴盘中水的供应，高温导致水分容易挥发损失，早晚时间关注育苗盘水分情况，及时补充水分，以基质为主的育苗穴盘浇水时一定保证浇透水，
加徒长苗使得水的供应尤为重要，同时开始补苗，尽量挑选小苗补，时间挑在下午进行，防止正午高温的影响，提高成活率。
2.活苗后水肥的供应。
在辣椒苗移栽后新根长出，开始长新叶子的时候带肥浇水，主要时间在八月二十五号左右。这次的追肥主要以提苗为目的，因为此时的温度比较高，追肥时请慎重选择尿素防止缩二脲的产生，一般选择平衡性水溶肥或者有机水溶肥为宜。
3.病虫害的防治。
九月的温度相对而言还是比较高，棚内的温度达到三十度以上，这种天气导致了秋季很容易发生病毒病危害，在这段时间开始用药，主要防治病毒病，因为病毒病主要是通过蚜虫传播，所以蚜虫要一并防治，早期的苗长势如果不是很旺，适当加叶面肥或者生物刺激素。在这次药之后要根据田间的情况控制用药的时间和次数，秋季辣椒的常见虫害主要是蚜虫、菜青虫、夜蛾之类，病害主要有青枯病、病毒病、疮痂病，湿度大时会有灰霉病的情况发生。
4.第二次追肥。
九月中下旬辣椒苗开始逐步现蕾开花，这段时间第二遍追肥要跟上，根据长势选择肥料，如果长势偏弱，加高氮或者平衡型水溶肥，如果长势比较旺盛，为防止辣椒疯长导致辣椒落花发生，所以主要以高磷钾型冲施肥为主，因为有的棚子前一两茬是辣椒，重茬的副作用会比较明显，所以这时候农用硫酸链霉素等细菌性杀菌剂要随水一起冲施，同时达到预防辣椒癌症青枯病的效果。
5.整枝。
辣椒一般采用三叉整枝，即留三根枝。辣椒苗在出现分枝之后将分枝以下的侧芽全部去掉，特别是侧枝长的旺盛的植株，因为辣椒的侧枝挂果量少，而且容易徒长导致肥料养分的浪费，侧枝去除后能很好的保证肥料养分的充分有效利用，这个操作可在九月下旬以后进行。
6.采收期追肥。
十月份辣椒的采收期就到了此时要及时追肥，辣椒属于浅根系作物，追肥时以少量多次为宜，此时辣椒对肥料养分的需求量猛增，所以追肥以高钾和平衡型水溶肥为主，间隔期5-7天，用量5-8公斤/亩，可适量增减。如果到辣椒采收高峰期时追肥次数要频繁可以三到五天追肥一次。同时要保证水的供应以保持棚内土壤湿润，每次追肥时适当延长浇水时间，但是不能让棚中厢沟积水。九十月份要注意经常保证棚内的通风透气，防止病菌在大棚内蔓延的同时防止因温度高引起植株的徒长。
7.大棚保温。
辣椒的采摘主要集中在十月到元旦期间，后期的辣椒保温是重点。因为从十月下旬开始温度就会逐步的降低，特别是晚上的温度较低，所以这个时候相关的保温设备就要到位，主要是草帘和遮阳网，草帘的保温性好些但是不好操作，遮阳网反之。当晚上的温度低于十度的时候就得在大棚内搭小拱棚保温，温度更低时要加盖草帘或者遮阳网。
注意事项：
1辣椒耐旱不耐涝，所以大棚内的地面不能有积水，若是下雨后有积水要及时排出。同时下雨时禁止辣椒苗淋雨，否则会出现死苗的现象。
2门椒及时采收否则影响后续的产量。
3大棚膜掀膜盖膜，当夜间温度低于20度是可以盖膜，白天尽量掀膜，随时保证大棚内通风透气；严禁大棚紧闭的现象发生，除非温度特别低。
4农药的使用要交换更替，以防病虫抗性的产生。
