1.幼苗期。一是病叶边缘退绿发软，呈失水状，叶脉间出现不规则淡黄色病斑，病斑逐渐扩大，变褐色干枯，维管束明显变色。二是有些病株在苗期不明显，外观看上去正常，但切开棉花横截面，部分木质部和维管束已变成暗褐色。
2.成株期。黄萎病在现蕾期后才逐渐发病，一般在6月下旬，黄萎病病株出现逐渐增多，到七八月份开花结铃期发病达到最高峰。近年来，其症状呈多样化的趋势，常见症状有：①病株由下部叶片开始逐步向上发展，叶脉间产生不规则的淡黄色斑块，叶脉附近仍保持绿色，病叶边缘向上卷曲；②有时叶片叶脉间出现紫红色失水萎蔫不规则的病斑，病斑逐渐扩大，变成褐色枯斑甚至整个叶片枯焦，脱落成光秆；③有时生长在主干上的或侧枝上的叶片大量脱落枯焦后，在病株的茎部或落叶的叶腋里，可长出许多赘芽和枝叶；④在七八月份，棉花铃期，在盛夏久旱遇暴雨或大水漫灌时，田间有些病株常发生一些急性型黄萎病症状，先是棉叶呈水烫样，继而突然萎垂，逐渐脱落成光秆；⑤有些黄萎病黄化但植株不矮缩、结铃少；有些黄萎病株变得矮小，几乎不结铃，甚至死亡。
