苦瓜以嫩瓜为主要食用器官，食用方法有做汤、炒食、泡菜，制成苦瓜汁、苦瓜茶、苦瓜酒饮料等。苦瓜的营养价值较高，据分析，每100克鲜果肉中含维生素A0.8毫克、维生素B10.7毫克、维生素B20.4毫克、维生素C840毫克、蛋白质9毫克、脂肪2毫克、碳水化合物32毫克、热量750千焦，还含有大量的矿物质营养元素钙、磷、铁等。
中医认为：苦瓜性寒、味苦，入心、脾、胃经。嫩瓜能清暑明目、除热解毒；成熟瓜能益气养血、补肾健脾、滋肝明目；可用于防治热病烦渴、中暑、肠炎、痢疾、火眼赤痛、热毒疮疖等。现代医学认为：苦瓜具有预防坏血病、保护细胞膜、防止动脉粥样硬化、提高机体应激能力、保护心脏等作用，还有抑制正常细胞癌变和促进突变细胞复原的抗癌作用。苦瓜中的苦瓜素能使人体摄取脂肪和多糖减少，具有减肥功效；苦瓜皂苷，具有降血糖、降血脂、抗肿瘤、预防骨质疏松、调节内分泌、抗氧化、抗菌及提高人体免疫力等功能。美国科学家从苦瓜中提炼出一种生理活性物质——奎宁精，用于人体皮肤的新生和创伤愈合，已经应用于临床。
