番茄菌核病主要为害保护地番茄果实；叶、果实和茎均可受害。叶片从叶缘开始发病，初呈水浸状，淡绿色，湿度大时长出少量白霉，病斑呈灰褐色，蔓延速度快，致叶枯死。果实被害多从果柄开始向果实蔓延。致未成熟果实似水烫状样。菌核外生在果实上，花托上的病斑环状，包围果柄周围。
病菌主要以菌核遗留在土壤中或混杂在种子中越冬或越夏。菌核在土中存活1-3年，当温湿度适宜时，菌核萌发产生子囊盘，放射出子囊孢子，借风雨随种苗或病残体进行传播蔓延。还能以菌丝通过染有菌核病的灰菜、马齿苋等杂草传播到附近的番茄植株上。湿度是子囊孢子萌发和菌丝生长的限制因子，相对湿度高于85%子囊孢子方可萌发。也利用菌丝生长发育。因此，此病在早春或晚秋保护地容易发生和流行。
防治方法：深翻，使菌核不能萌发。实行轮作，培育无病苗。及时清除田间杂草，有条件的覆盖地膜，抑制菌核萌发及子囊盘出土。发现子囊盘出土，及时铲除，集中销毁。加强管理，注意通风排湿，减少传播蔓延。棚室采用烟雾法或粉尘法，于发病初期，亩用10%速克灵烟剂250-300克熏一晚上，也可于傍晚喷洒5%百菌清粉尘剂，每亩次1公斤，隔7-9天1次。发病初期立即喷药，可选用40%菌核净可湿性粉剂500倍液，或50%速克灵可湿性粉剂1500倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液。植株茎的基部和地面上应喷洒药液。隔7-8天一次，连续防治3-4次。