沼气池内沼气液通常自然分为四层，从上到下分别为浮渣层、上清层、活性层和沉渣层。搅拌的目的:①是发酵原料分布均匀，增加微生物与原料的接触面，使发酵剂更好的发挥作用，加快产气速度，提高产气量、提高原料利用率。②同时也可防止原料浮面结壳，产生的沼气释放不出来。以秸杆、杂草和树叶等为主的沼气池，更需搅拌才能达到好的发酵效果。
防止局部酸的积累搅拌的方法有三种：①机械搅拌在池内安装叶轮进行搅拌。②气搅拌将沼气从池上部抽出后，又从池底压进去，产生强大的气流，达到搅拌的目的。③液搅拌从出料间将沼气液抽出，然后从进料口冲入沼气池，产生强大的液体回流，达到搅拌的目的。
