1、选用耐灰霉病品种。保护地番茄采用生态防治法，加强通风管理。具体作法为变温管理：即晴天上午晚放风，使棚温迅速升高，当棚温升至33℃，再开始放顶风，31℃以上高温可减缓该菌孢子萌发速度，推迟产孢，降低产孢量。当棚温降至25℃以上，中午继续放风，使下午棚温保持在25-20℃；棚温降至20℃时关闭通风口以减缓夜间棚温下降，夜间棚温保持15-17℃；阴天打开通风口换气。合理浇水。浇水宜在上午进行，发病初期适当节制浇水，严防过量，每次浇水后，加强管理，防止结露。
2、田间管理。发病后及时摘除病果、病叶和侧枝，集中烧毁或深埋，严防乱扔，造成人为传播。
3、关键期用药。第一次用药在定植前用50％速克灵可湿性粉剂1500倍液或50％多菌灵可湿性粉剂500倍液喷淋番茄苗，要求无病苗进棚。
4、第二次在沾花时带药。做法是第一穗果开花时，在配好的2.4-D或防落素稀释液中，加入0.1％的50％速克灵可湿性粉剂或50％扑海因可湿性粉剂、50％多霉灵可湿性粉剂，进行沾花或涂抹，使花器着药。此外，也可单用“保果灵”可湿性粉剂，每克兑热水0.5升充分搅拌冷却后沾花，亩用量13克。第三次掌握在浇催果水前1天用药，以后视天气情况确定，正常年份，可停药，如遇连阴雨天气，气温低，可再防1-2次，间隔7-10天。在棚室番茄灰霉病始发期，施用特克多烟剂，每100立方米用量50克；或10％速克灵烟剂、45％百菌清烟剂，每亩次250克熏1夜，隔7-8天1次；也可于傍晚喷撒5％加瑞农粉尘剂或6.5％甲霜灵超细粉尘剂，每亩次1公斤，隔9天1次，视病情注意与其他杀菌剂轮换交替使用。
5、喷药防治。于发病初期开始喷洒50％速克灵可湿性粉剂2000倍液、50％扑海因可湿性粉剂1500倍液、60％防霉宝超微粉600倍液、或36％甲基硫菌灵悬浮剂500倍液，隔7-10天喷1次，共喷3-4次。
由于灰霉病菌易产生抗药性，应尽量减少用药量和施药次数，必须用药时，要注意轮换或交替及混合施用。有利于提高防效，降低成本，延缓抗药性。
