马铃薯晚疫病发生流行很快，防治时必须以防为主，综合防治，尽量做到“防病不见病”。
1、选用抗病品种。对晚疫病具有一定抗性的品种有：克新4号、克新10号、克新11号、克新13号、东农304号、春薯4号、坝薯10号、晋薯7号、陇薯3号、陇薯6号、鄂马铃薯1号、鄂马铃薯3号、青薯16
8、川芋5
6、渭薯1号、红皮等。
2、严格执行种薯准入制度，防止病害蔓延。大批调入种薯前，应派专家进行产地检查或进行种薯检验，证实无病后方可调种，这对于新的马铃薯种植区尤为重要。
3、种植无病种薯。⑴选用脱毒种薯：一般生产田最好选用一级或二级种薯。⑵精选种薯：播种前把种薯先放在室内堆放5-6天，进行晾种，不断剔除病薯。选择具有本品种特征，表皮光滑、柔嫩、皮色鲜艳、无病虫、无冻伤的块茎作种薯。凡薯皮龟裂、畸形、尖头、皮色暗淡、芽眼凸出、有病斑、受冻、老化等块茎，均应坚决淘汰。如出窖时块茎已萌芽，则应选择具粗壮芽的块茎，淘汰幼芽纤细或丛生纤细幼芽的块茎。⑶切刀消毒：常用75%酒精、3%来苏尔水、0.5%的高锰酸钾溶液浸泡切刀5~10min进行消毒。要准备多把切刀，切到病薯要换用消毒刀。⑷药剂拌种：药剂拌种防治的主要对象有三个，即晚疫病菌、细菌、半知菌类的真菌，因此在选择药剂时要分别选择防治晚疫病菌、细菌和半知菌类真菌的药剂。防晚疫病菌的药剂有：克露、甲霜灵锰锌、杀毒矾、阿米西达等；防细菌的药剂有：硫酸链霉素和春雷霉素；防半知菌类真菌的药剂有：适乐时、满适金、多菌灵、甲基托布津等。拌种方法可分为干拌和湿拌，干拌一般是先将一定量的药剂与适量滑石粉混匀，再与种薯混匀后即可播种；湿拌一般将所选药剂配成一定浓度的药液，均匀喷洒在切好的种薯上，拌匀并晾干后播种。由于不同药剂有效含量不同，具体使用剂量参见产品说明书。
