西红柿病害种类较多，目前我国可查到的有三十多种，其中主要病害有病毒病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、早疫病和溃疡病等，这些病害在实际生产上常常同时发生，交替发生，而且发病早、来势猛、流行快、危害重。虫害主要是蚜虫、温室百粉虱和棉铃虫等。
