玉米小斑病的防治应采用以抗病品种为主，结合栽培技术防病和综合防治措施。
(1)农业防治：①选用抗病品种是防病增产的重要措施，各地可因地制宜地选用。②适时播种，使抽穗期避开多雨天气。③施足底肥，适期、适量合理追肥，促进植株生长健壮，特别是必须保证拔节至开花期的营养供应。④发病制种基地实行大面积轮作，把病原基数压到最低限度，减少初侵染来源。⑤集中清理底部病叶，带出田外处理，可以压低田间菌量，改变田间小气候，从而减轻病害程度。⑥收获后清除地面病株残体，把带菌残体充分腐熟，最好不用于玉米制种田。⑦病田应实行秋翻，使病株残体埋入地下10厘米以下。
(2)药剂防治：发病初期喷50%好速净WP1000倍液，或80%速克净WP1000倍液，或75%百菌清WP800倍液，或70%甲基硫菌灵WP600倍液，或25%苯菌灵EC800倍液，或50%多菌灵WP600倍液。
