预防。不从病区调用油菜种子；与其他非十字花科作物进行4~5年的轮作，可以有效减轻病害；建好油菜田排水设施，深沟窄畦，清沟防渍，降低土壤湿度；避免在低洼积水地块或酸性土壤上种油菜；选择无此病的田块育苗，以防病菌传播；选择晴天定植，定植后有1-2周的晴天，能减轻发病，如定植时下雨或植后不久下雨，淋施2%石灰水，可减轻发病；油菜收获后应将病残株烧毁或堆肥，注意堆肥一定要经过腐熟后才能在油菜田使用。
防治。当田间出现少量的根肿病植株后，需要及时拔除病株，并在病穴里面撒生石灰进行土壤消毒。如果病株较多，可以用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液灌根，每株灌250毫升；或者用40%五氯硝基苯粉剂500倍液灌根，每株400~500毫升控制病情。
