可以从五个方面来防治：
（1）选用抗病品种。黄瓜可选用津杂3号、津杂4号、中农5号、碧春、津研5号、津研6号、龙杂黄3号、早丰1号、鲁黄1号等品种。西瓜可选用京抗1号、京抗2号、京抗3号、京欣1号、丰收1号、郑抗1号、郑抗2号、无籽西瓜等品种。甜瓜、冬瓜等各地也有抗枯萎病的品种，均可因地制宜地选用。
（2）种子消毒。用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种半小时，洗净后催芽播种。在55℃水中浸种10分钟，冷却后催芽播种。西瓜种子先用冷水预浸5～6小时，再移入45℃水中15分钟，再移入55℃水中15分钟，移入冷水中冷却再催芽播种。
（3）无病土育苗。用未种过蔬菜的新土育苗或苗床每平方米用50%多菌灵可湿性粉剂8～10克消毒床面后育苗。
（4）推广嫁接栽。嫁接是防治瓜类枯萎病的有效方法。黄瓜嫁接可选用黑籽南瓜做砧木，西瓜可选用瓠瓜、条瓜、超丰F1等作砧木。甜瓜也可以嫁接。
（5）药剂防治。每亩用50%多菌灵可湿性粉剂或50%甲基硫菌灵可湿性粉剂130～200克、或2%农抗120水剂200～330克，掺细土50倍左右，拌匀后，定植时施入栽植穴内。在结瓜期或发病初期将以上的化学药剂配成500～800倍液，或20%甲基立枯磷乳油1000倍液，每株500毫升灌根。有的地区推广使用12%松脂酸铜(绿乳铜)乳油300倍液灌根防治西瓜枯萎病，防效可达80%～90%，有较好的防效。还可用西瓜重茬剂300～400倍液在西瓜定植或身苗3～4片真叶时，每穴灌药液250毫升，或发病初期用500～600倍液灌根，每穴灌药液250毫升。防治西瓜和冬瓜枯萎病，可以在移栽后发病初期开始，用3%的广枯灵水剂500～800倍液，单株200毫升药液，每隔10天灌根一次，连续灌3次。
