黄瓜病虫较多。对产量、品质影响较大的有疫病、霜霉病、枯萎病、炭疽病、白粉病等，虫害主要有黄守瓜、蚜虫、美洲班实蝇等。黄瓜疫病是一种毁灭性病害。我国南方以春季黄瓜发生严重，低洼地和高温多雨潮湿天气最易发病并引起严重流行。感病植株主要茎基部节间再现水渍状病斑，继而环绕茎部湿腐、缢缩，病部以上蔓叶萎蔫，瓜果腐烂，以致整株死亡。
霜霉病主要由气流传播，侵染频繁、潜伏期短、游行性强。主要危害叶片，形成黄色或淡褐色多角形病班，叶片背面有紫灰霉层。此病多于地势低洼、通风不良、浇水过多地方发生，对设施栽培黄瓜的后期产量往往千万很大损失。
枯萎病多在开花结果期发生，病株生长缓慢，下部叶片发黄，逐渐向上发展。病情开始时萎蔫不显著，中午萎蔫，早晚恢复，反复数日才枯萎死亡。此病发生严重，药剂防治效果差，往往影响后期产量。
炭疽病的病情近年有呈上升的趋势，于高温湿季节为害严重。发病温度为10℃-38℃，以22℃-27℃最适宜，苗期至成株期均可发病，主要以菌丝体或拟菌核在种子上或病残株上在田间越冬。早春设施棚内温度低、温度大，叶面常结有水珠，此时最易流行。此外，连作、氮肥过多、大水漫灌、通风不良、植株衰弱易千万发病严重。
白粉病多发生于生长中后期，发病越早损失越大。主要危害叶片，田间温度较大，气温16℃-24℃时极易流行。植株徒长、枝叶过密、通风不良、光照不足，病情发生较严重。
对黄瓜病害应采取综合防治。一是选用抗病品种；二是合理轮作；三是发病初期注意清除残枝叶并及时喷药，以防病势蔓延。防治疫病可喷58%瑞毒霉锰锌500-800倍液或40%乙磷铝250-230倍液；防治霜霉病呆用克露800-1000倍液或75%百菌清可湿性粉剂600-700倍液；防治枯萎病可用70%敌克松或50%代森铵1000-1500倍液，炭疽病用施保功1000-1500倍液或80%炭疽福美可湿性粉剂800倍液；白粉病呆喷灭威500-600倍液或50%胶体硫150-200倍液。
黄瓜虫害主要有蚜虫、黄守瓜、美洲班实蝇、烟粉虱。这几种害虫主要以成虫或若虫为害叶片和嫩茎，影响植株正常生长。特别是美洲斑实蝇，是我国新发现的一种检疫性害虫，繁殖力强，传播快，严重威胁瓜类生产，可用20%好年冬1500-2000倍液或赛宝800-1000倍液防治，效果较理想。蚜虫可喷40%乐果800-1000倍液或11%蓟芽威乳油800-1500倍液。黄守瓜可用90%敌百虫1500-2000倍液喷洒或辛硫磷1000-1500倍液灌根。
