(1)选用高产抗病品种：一般散穗型、早熟品种发病较轻；密穗型、晚熟品种发病较重。如选用新品种楚粳28号、云粳26号。
(2)清除病残体：早期发现病粒应及时摘除，重病田块收获后进行深翻，以便菌核和曲球在土中腐烂，春季播种前，清理田间杂物，以减少菌源。
(3)科学合理施肥：大田施肥有条件的应以农家肥、有机肥为主，氮磷钾肥配合使用，不要过多过迟施用氮肥。
(4)科学管水：大田管水按水稻生长需水特性进行科学管水，即浅水栽秧，寸水返青，薄水分蘖，苗够凉晒田，寸水促穗，湿润壮籽。
(5)药剂防治：在水稻抽穗前7-10天（圆苞期）及齐穗期亩用40%菌核净100克或20%井岗霉素100克兑水60千克均匀喷雾防治稻曲病两次。
