苦瓜枯萎病是真菌性病害。该病主要发生在主蔓茎节部，也可在地面根须部发生，发病初期发生水烫状，病部很快向上下两头的节间扩展。随后的病部变褐腐烂收缩，患部以上茎叶失水下垂枯萎，造成减产。因此，要及时防治。
防治方法：
首先，选用抗病品种。如长绿苦瓜、长白苦瓜等。
其次，土壤处理。整地时深翻曝晒5天-7天，，同时，每亩施石灰50-80千克抑制病菌生长。
再其次，高畦深坑。高温多湿容易发生枯萎病，采用高畦深坑种植法，降低地下水位，防止雨后积水，使畦面土壤通风，减少病害。
再次，剪疏叶片。病害开始发生时，疏剪基部叶片，使田间植株、畦面通风排湿，能抑制病菌的发育和传播，可减轻病害发生。
最后，化学防治。发病初期，速将病株拔除，同时喷洒75%百菌清500倍液-800倍液，兑水60公斤，或者用50%多菌灵500倍液-600倍液，兑水60公斤。或用70%敌克松原粉500倍-800倍液，兑水80公斤，每隔七天-十天喷洒一次，连续三次-四次。每次喷洒时植株正反两面喷到位，喷至叶片至湿不滴水为宜。