在贮藏期间萝卜糠心与萝卜品种、播期、栽培管理条件有关，这些应在生产环节加以防止，如生产过程减少病害的发生，用药和田间管理到位，在萝卜生长周期内适时采收。在贮藏方面，如贮藏窖内湿度不够，萝卜失水太多，或是贮藏沟挖的过深，窖温太高等，常是造成萝卜糠心的直接原因。
萝卜黑心是感染黑腐病引起的。在萝卜生长的过程中，有效预防该病的发生，一旦有这样的病害，在采收时将病萝卜挑出，因为黑腐病是一种细菌性病害，贮期高温高湿则有利于该病的浸染和蔓延。所以贮期窖温不宜过高，湿度更应适宜。
萝卜贮期发芽，是因为在贮前切头时，没有将叶痕切完，贮期遇窖温升高，湿度大就会萌发生芽。所以在萝卜入窖之前，削顶的时候一定去掉生长点，加上温湿度适宜发芽就可以避免。
防止萝卜冬贮糠心、发黑和生芽，应当适时晚播，选择不易糠心的品种，加强田间管理，增施钾肥，少施氮肥。贮藏时将短缩茎（萝卜顶）切净，防止萝卜摔碰挤压而受伤，窖深适度，保持零上3-5℃，以不受冻为原则。
