棉花从出苗到现蕾为苗期。历时40～45天（4月上中旬至6月上旬）。苗期管理目标是在确保全苗的基础上，狠抓早管，促使根系发达，达到壮苗早发的目的。
保温保湿促全苗。苗床自播种至子叶平展都要充分发挥塑膜保温保湿作用。播种适期掌握在4月5～20日抢连续晴天播种。播种后苗床膜内温度掌握在30～35℃促出苗。当出苗80%时，膜内温度控制在25～30℃，上午九时通风散湿，下午四时封膜保温促扎根。全苗后每亩大田的苗床喷一支壮苗素促壮苗。
控温降湿促健苗。经过2～3天通风散湿后，继续晴天就要逐步揭膜晒床。方法是在上午升温时先揭两头膜通风，待通风散湿后再揭半边膜，直至膜内外温差极小时再全揭膜晒床，让棉苗逐步适应苗床环境条件改变。风雨恶劣天气要护膜固膜，阴天通风不揭膜调节温度，下午封膜保持温床过夜，以温促快增叶。“晒床”晒至床面发白、苗茎1/3现红为度。在晒床时喷一次杀菌剂防病害。
适时搬钵炼苗。搬钵以1叶1心或移栽前10天进行为宜。由于搬钵棉苗主根被拉断，故能控制地上部分过快生长，刺激侧根生长，移栽后吸收水分的能力增强。搬钵应大小苗分开摆，适当拉开苗距至叶不搭叶，并及时做到边搬钵边于钵面回填细土，苗床四周土压紧，放入少量的人粪尿，防肥水短缺僵苗。搬钵后做到“雨不淋苗，大风不吹苗，夜不揭膜”，促苗快发根。移栽前5～7天昼夜揭膜炼苗，但遇低温阴雨天气仍要盖膜，做到“苗不离床，膜不离床”。栽前3～5天浇一次1%的尿素水作“送嫁肥”，栽前1天防一次病虫，做到带肥带水带药下大田。
适时移栽，合理密植。5月上旬，棉苗2叶1心时移栽，密度根据土壤肥力和施肥水平而定。土壤肥力好、施肥水平高的1000株/亩，一般的1100株/亩，差的1200株/亩。并注意行距要达到1.1～1.2米。
早中耕。栽后5天就要及时抓好雨后初晴爽土天气多次进行浅中耕，促进钵土密接和土壤增氧增温，促进根系发育。
早施轻施提苗肥。栽后用1%的碳铵水+“802”定蔸促发根，活蔸后亩用尿素2.5～4公斤泼施提苗促早发。注意旺苗少施或不施，弱苗多施，促平衡生长。
清理三沟，排渍防渍。如果沟水不通，容易出现明涝暗渍，土壤空气缺乏，土温降低，影响棉苗生长发育，且易发生病害和烂根死苗。因此，必须三沟相通，雨住田干。
防治病虫。棉花苗期的主要病害有立枯病、炭疽病、猝倒病、枯萎病、疫病等，主要虫害有棉蚜、盲椿象、红蜘蛛、地老虎、棉蓟马等，要选用对口农药及早防治。
