大豆菌核病危害植株地上部，在苗期、成株期均可发病，但以成株花期发生受害较为严重。
1、苗期症状苗期染病茎基部褐变，呈水渍状，湿度大时长出棉絮状白色菌丝，后病部干缩呈黄褐色枯死，幼苗倒伏、死亡。
2、成株期症状成株期染病主要侵染大豆茎部，田间植株上部叶片变褐枯死。叶片染病始于植株下部，病斑初期呈暗绿色水浸状斑后扩展为圆形或不规则形，中心灰褐色，四周暗绿色，湿度大时生白色菌丝，叶片腐烂脱落。茎秆染病多从主茎中下部分权处开始，病部水浸状，后褪为浅褐色至近白色，病斑形状不规则，常环绕茎部向上、向下扩展，致病部以上枯死或倒折。潮湿时病部生絮状白色菌丝，菌丝后期集结成黑色粒状、鼠粪状菌核，病茎髓部变空，菌核充塞其中。后期干燥时茎部皮层纵向撕裂，维管束外露似乱麻，严重的全株枯死，颗粒不收。豆荚染病呈现水浸状不规则病斑，荚内外均可形成较茎内菌核稍小的菌核，可使荚内种子腐烂、干皱、无光泽，严重时导致荚内不能结粒。
