误区之一：没有根据田间实际状况。
对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。
误区之二：没有根据土壤墒情施用。
菌肥的温度是25℃～27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果较差。同时还应掌握固氮菌适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度为适宜。
误区之三：和其他农药混用。
为防止活菌致死注意千万不要与剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。
在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。
若拌种，切忌和已拌好剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
误区之四：与化肥混用，化肥用量过大。
高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
误区之五：没有因量制宜。
对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代理应做到、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
误区之六：没有因时制宜。
生物菌肥不是肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果佳。
误区之七：不同种类的菌肥直接混用。
目前，市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互抵制作用还不是很清楚，若相互抵制，则会降低肥效。
