1、清除田间病株残体。对制种玉米在抽雄时及时将发病雌雄株拔除。玉米收获后彻底清除发病株，集中烧毁或结合深翻土地而深埋。
2、轮作。实行玉米与其它非寄主作物轮作，防止土壤病原菌积累。发病重的地块可与水稻、马铃薯、蔬菜作物实行2～3年轮作。
3、合理施肥。玉米拔节期或孕穗期增施钾肥或磷氮肥配合使用。缺钾地块，一般亩施氯化钾7.5～10公斤，或三元复合肥每亩25～30公斤。在栽培因素中,氮、磷、钾合理施用能增强植株长势,提高抗病性,尤其是氯化钾能减轻茎腐病的发生。
4、合理密植。保持田间通风透光和良好的土壤透气性可减轻或延缓发病。茎腐病发生及时摘除茎部最低处2～3片叶子，清除病株、老叶，集中烧毁。
5、加强栽培管理。开好排水沟，降低地下水位，雨季及时排水，达到雨停无积水；分期培土，及时中耕松土，避免各种损伤。
6、及时除虫。防治好蚜虫、灰飞虱、玉米螟及地下害虫，杜绝虫害传毒、传菌途径，防止病菌从虫害伤口进入而危害植株。
7、茎基发病可及时将茎基部四周的培土扒开，降低湿度，减少侵染，待发病盛期过后再将士培好。并及时拔除重病株，烧毁或深埋，避免传播。
8、药剂防治。发病初期用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或65%代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或70%百菌清可湿性粉剂800倍液，或50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液喷雾防治。发病中期用98％恶霉灵2000～3000倍灌根。
