(1)选用抗(耐)病品种目前虽未找到免疫品种，但有一些农艺性状良好的耐病品种，各地可因地制宜地选用。
(2)农业防治合理排灌，湿地要开沟排水。收获后要深耕灭茬，减少菌源。适时播种，避开扬花期遇雨。提倡施用酵素菌沤制的堆肥，采用配方施肥技术，合时施肥，忌偏施氮肥，提高植株抗病力。
(3)播种前进行石灰水浸种，方法参见小麦散黑穗病。
(4)药剂防治①用增产菌拌种。每亩用固体菌剂100—150g或液体菌剂50ml对水喷洒种子拌匀，晾干后种。②防治重点是在小麦扬花期预防穗腐发生。在始花期喷洒50%多菌灵可湿性粉剂800倍液或60%多菌灵盐酸盐(防霉宝)可湿性粉剂1000倍液、505甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液、50%多·霉威可湿性粉剂800—1000倍液、605甲霉灵可湿性粉剂1000倍液，隔5—7天防治一次即可。也可用机动弥雾机喷药。此外小麦生长的中后期赤霉病、麦蚜、粘虫混发区，667m2用40%毒死蜱30ml或10%抗蚜威10g加40%禾枯灵100g或60%防霉宝70g加磷酸二氢钾150g或尿素、丰产素等，防效优异。
