果实的典型症状是着色异常、果小。染病沙糖橘等宽皮柑橘的果实常表现为果蒂和果肩周围先褪绿转色，其它部位仍然为青绿色，且因蜡质形成受阻而无光泽。果农称之为“红鼻子果”或“红肩果”。染病甜橙树的果实常表现为青果，病果的果汁味酸、淡，果实中心柱不正。叶片的典型症状是黄化、变小。据病程长短，叶片黄化有两种主要类型，一种是斑驳型黄化，一种是均匀黄化。染病早期，叶片常显现为斑驳型黄化，待病菌散播到全树后，新梢抽生的叶片一般为均匀黄化。病根表皮易脱离、腐烂等，黄龙病菌优先定殖在根中且分布较为均匀，这也是为什么仅仅砍除病枝并不能有效控制黄龙病的原因所在。
