棉花蕾期主要病虫害有棉铃虫、盲蝽蟓、红蜘蛛。
防治棉铃虫
自推广抗虫棉以来，不用药治基本上控制了第二代棉铃虫的为害；但抗虫棉对棉铃虫的抗杀作用有一定限度。
1、农业防治措施：结合修棉人工抹杀棉株上的虫卵，把打下的枝叶带出田外集中销毁。
2、物理防治：采用杨树枝把诱蛾、玉米诱集带诱集棉铃虫成虫等，有效推迟和减少了棉田用药次数。
防治红蜘蛛
红蜘蛛聚集在叶背面刺吸汁液，棉叶被害后，先失绿，叶上出现黄白斑点，而后呈红斑，红斑扩大后焦枯似火烧。
1.、红蜘蛛的防治指标：棉花蕾期红叶株率5%~14%或百株螨量200头以上。
2、.防治用药：阿维菌素+哒螨灵进行防治效果较好，最近新产上市的几种复配药有：“全宽农药”和“阿维高全管”，具有兼治棉铃虫既杀虫又杀卵，持效期较长，药效期30天，重点喷叶背面。
防治第二代盲蝽蟓
据调查棉花蕾期盲蝽蟓发生较普遍，一般棉田被害株率在15%~20%，严重地块达30%以上，减产严重，必须抓住关键期及时用药，药治在破叶之前。防治用药：1.3%啶虫脒3000倍液或4.5%高效氯氰菊酯乳油1000倍液+10%吡虫啉2000倍液，早晚喷雾。2.氰戊菊酯+马拉硫磷混配1000倍液喷雾。
