蕃茄整个生长期发生的病虫害很多，主要有立枯、猝倒病、青枯病、早晚疫病，叶霉病、白绢病、棉铃虫、烟青虫、科纹夜蛾、甜菜夜蛾等。
(1)立枯病、猝倒病主要发生于苗期，可用50％敌克松600倍液淋根。
(2)青枯病是细菌性病害，在夏季高温湿条件下极易发生。若前作为花生或茄科作物，则更加快发生。该病没有特效药可治，只能及早预防：A、选择前作为水稻或非茄科、花生等作物的田块。B、选用抗（耐）青枯病品种，如粤星、粤红玉、丰顺、美国明华（玉林市农科所引种成功品种）蕃茄等。C、药剂防治：在发病初期用72％农用硫酸链霉素4000倍液或农抗“401”500倍液淋根，连淋2～3次。
(3)早晚疫病、叶霉病、白缉病等多发生为害中后期。防治方法：A、避免过度密植不通风，特别早春蕃茄由于阳光少湿度大，宜疏种。B、高畦种植，避免积水。C、药剂防治：用58％瑞毒霉（雷多米尔）600倍液或普力克600倍液、氧氯化铜800倍液，或70％甲基托布津800倍液、75％百菌清600倍液，64％杀毒矾500倍液喷洒，连续用药2～3次，同时注意药剂交替使用。
(4)棉铃虫、烟青虫、斜纹夜蛾、甜菜夜蛾等以幼虫蛀食蕃茄花、花蕾及果实，主要蛀果、造成果实脱落，并易引起病菌易侵入造成腐烂，严重减产。一定要在低龄时，即孵化盛期幼虫尚未蛀入果时防治：A、用20％甲氰菊酯（扫灭利）2000倍液、2.5％溴氰酯（敌杀死）2500倍液、5％抑太宝2000倍液、2.5％功夫3000倍液、90％敌百虫800倍液加40％乐果1000倍液等喷洒，于早晚喷洒效果较好。B、发现已受害果实（即虫钻入果实内）时，应进行人工摘除并全面喷药。
