黄瓜的病害主要有三种类型，即真菌、细菌及病毒。在保护地高温、高湿条件下，非常有利于病害的发生与漫延。生产上防治病害除了选用抗病品种外，在管理上覆盖地膜，采取膜下灌以降低棚内湿度，创造一个不利于病害发生发展的环境条件，以减轻病害的发生与发展。晴天采用喷雾法，阴天及低温季节可以采用施用烟雾剂和粉尘剂提高防治效果。另外，应注意不同类型农药交替使用，以提高药效和延缓病虫抗药性的产生。
日光温室冬春茬黄瓜的虫害产要是温室白粉虱和美洲斑潜蝇。在白粉虱发生初期和密度较低时可用10%吡虫啉可湿性粉剂1000—1500倍液或25%扑虱灵可湿性性粉剂1000—1500倍液进行防治。另外也可用22%敌敌畏烟剂667平方米0.5公斤，于傍晚收工前密闭熏烟。对美洲斑潜蝇的防治上，除了强化检疫监管，防止该虫扩大蔓延，在药剂防治时，掌握在幼虫2龄前喷48%乐斯本乳油800—1000倍或卡死虫乳油2000倍液防治。
