小麦赤霉病菌在抽穗开会时入侵危害小穗，抽穗扬花期的雨日、雨量和相对湿度是决定病害流行的重要因素。该病主要为害小麦穗部，但在小麦各个阶段都能受害，苗期侵染引起苗腐，中、后期侵染引起秆腐和穗腐，尤以穗腐危害性最大。一般扬花期侵染，灌浆期显症，成熟期成灾。
防治措施：
（1）病害常发区选用穗形细长、小穗排列稀疏、抽穗扬花整齐集中的品种。
（2）适期播种，结合肥水管理。
（3）抓好抽穗扬花期的喷药预防。掌握好防治适期，选好优质防治药剂，掌握好用药方法，喷药时要重点对准小麦穗部均匀喷雾。每亩用12.5%戊唑醇可湿性粉剂30克兑水30-50千克，喷雾防治。如扬花期遇到阴雨天气，5-7天后可再喷一次，以确保防治效果。
