一、农业防治
清除侵染来源，加强栽培管理，注意果园卫生，选用抗病品种。首先，秋末冬初落叶后彻底清除病叶，结合修剪，剪除树上病残叶，集中销毁，在果树发芽前结合腐烂病、轮纹病、斑点落叶病的防治，全园喷布石硫合剂等铲除剂，以铲除树体和地面上的菌源，减少初侵染源。其次，加强土肥水管理，增施有机肥料，尤其是磷、钾肥，避免偏施氮肥，增强树势，以提高树体抗病能力。再次，改造密闭果园，采用合理树形，合理疏果，避免过度环剥，增强树势和树体抗病力。科学修剪，加强夏剪，于7月份即使剪除徒长枝，改善通风透光条件。最后，合理灌溉，排除树下积水，降低果园湿度，尤其注意雨季及时排除园中积水。同时，在发病重的地区，尽可能减少易感品种的种植面积，多种植抗病品种，控制病害的大发生。
二、化学防治
根据当地气候条件和发病规律，确定喷药的时间、种类和次数。在6-9月份发生，但防治的关键时期各有不同，抓住各自的特点，确定各自防治的关键时期才能更好地防治病害的发生。
苹果褐斑病高发期虽出现在7-8月份，但防治的关键期却是雨季到来之前的生长前期。6月份连续2次喷施内吸性治疗剂，可有效控制整个生长季节褐斑病的发生。药剂防治苹果褐斑病应从苹果落花后开始，直至5月底，应根据病害的预测进行防治。防治苹果轮斑病，应在果树发芽前喷5度石硫合剂，清除病原。苹果落花后15-20d，喷洒第1次药剂。以后根据降雨情况至8月下旬每隔20d左右喷药1次，其中春梢叶片的病叶率达10%-20%时，喷洒防治该病效果较好的药剂1-2次，7-8月份再喷1-2次，其余时间可喷其他杀菌剂。
灰斑病发生多在秋季，所以应重点抓好后期防治。喷药时间可根据发病期确定，一般可在花后结合防治白粉病或食心虫喷第1次药，以后隔20天喷1次，连续防治3-4次；加强贮藏期管理，入窖前严格剔除病果，控制好窖内温度与湿度。掌握初次用药时期是防治苹果斑点落叶病的关键之一。初次用药时期以病叶率10%左右时为宜。以春梢前中期、秋梢前中期用药效果较好，能尽早控制发病，达到充分保护功能叶片的目的。