沼气池由于日常管理疏漏，影响了效益的发挥，甚至许多质量完好的沼气池也因此放弃使用，造成了浪费。以下是根据贵州省开阳县能源办调查研究积累的见闻总结的沼气池日常管理常见问题及解决办法。
1、不能坚持每天小进小出原料和及时补充原料。许多农户在初次投入原料后由于种种原因不再补充新原料，因而3个月左右便无气可产。正确的方法是：每天小进小出原料，即产气1个月后每天从出料口挑出50-100千克的沼液，同时将2-3头猪的粪便冲入沼气池，补充适量的清水至出料口原有液面。这样做的好处有两个：一是产气均衡持久；二是变集中的大强度劳动为分散的低强度劳动。使沼气池日常管理变得轻松简单。
2、冬季沼气池不采取保温和增温措施。沼气发酵的生物学下限温度是15℃，所以，在寒冷的冬天，如果沼气池没有采用必要的保温或增温措施，几乎不产气。办法是：在主池上盖草或搭塑料小棚或将沼气池建在塑料大棚内；使用骡、马、牛粪等热性原料；适量补充热水等，都能有效提高产气量。
3、没有搅拌习惯是沼气产量低、不能满足日常生活需要的主要原因。搅拌能使原料与接种物混合均匀，增加发酵接触面，使发酵温度均匀一致，提高沼气产量。方法是：每天坚持在出料间用抽渣管拉杆反复拉动3-5分钟。
4、不针对不同的原料采取各自的预处理方法。预处理对于加快发酵启动，提高发酵原料的利用率具有重要的意义。禽粪要沉淀除去砂石；牛粪要除去长草。很多原料还要调酸、解毒和调节浓度。
5、冬季所建沼气池启动缓慢，接种物不经过驯化培养的现象普遍存在。沼气发酵的菌种有许多个区系，不同的发酵基质菌种区系肯定不同，所以，菌种必须经过驯化培养富集才能使用。具体的方法是将1/3的原料先与污泥混合堆沤3-4天，另外，冬季沼气池的启动还需要用热水拌料，将原料进行预处理，相对增加接种物的数量，适当补充氮素，增加保温与增温措施等。这样的处理可以使沼气池在24-48小时内启动并维持较高的产气水平。
6、不对趋于恶化的发酵状况进行及时调控。正常发酵的出料口沼液呈酱油色，且泡沫丰富。沼液略偏酸或出口料液泛绿时要停止进料，等待恢复正常或掏出一部分沼渣，补充清水以降低发酵浓度；如果更酸或出料口料液呈黑色且有白膜则应加入适量的澄清的草木灰水或碳酸氢钠溶液，并且补充更多的接种物；出口料液呈灰色表明发酵浓度偏低，应及时补充干物质。如果发现这些情况不加处理，沼气池发酵状况恶化就会加剧，直至停止产气。
7、输配系统配置不全面，缺乏必要的保护措施。没有脱硫装置；输气管不进行深埋保温、没有配置集水瓶和套管，集水瓶安得过高，倾斜度不标准，输气管内径普遍偏细等。
8、沼气在使用时不进行燃烧火焰调控，热效率较低。正确的燃烧是内焰与外焰的交界处正好位于锅底，外焰散开平铺于锅底，火焰呈蓝色。火焰偏长就要减少供气量；偏短或燃烧内缩就要增加供气量；火焰呈黄色就要调大风门。
9、安全意识差，存在隐患。进出料口没有盖或有盖不用；进出主池不进行通风换气和动物试验；人经常离开正在燃烧的沼气灶、沼气灯；输气管道旁边常有人畜活动甚至点火。这些问题都应消除。
