苦瓜的种子比较大，外形扁平，呈现出龟甲形状，种皮较厚且比较坚硬，苦瓜的种子发芽比较困难，在播种之后需要非常长的时间才可以破土而出，为了促使种子萌发，使之出苗快、壮、保持整齐、播种之前一定要进行浸种催芽。
进行浸种催芽的方法是：使用瓦盆或是陶瓷盆，添放一些55度到60度的温水，之后将苦瓜种子慢慢倒入温水之中，注意一边倒入一边进行搅拌，以避免将种子。把种子在水中浸泡约12到14小时，等到种子吸水之后将其取出。将种子表面的水给沥干，使用湿纱布或是麻包片将种子包好，放入温度在30摄氏度到35摄氏度的环境下进行催芽，比如催芽室、火炕等，有条件的可以放在恒温箱中进行催芽。为了使苦瓜芽保持健壮，可以把气温调整到到25摄氏度到30摄氏度；在种子萌发之前，每天要使用清水把种子淘洗1到2遍。或是把种子给翻动几遍，以让种子受热均匀，这样通过3到4天就能够正常出芽；当幼苗长到0.5厘米到1厘米长的时候就可以播种。
