棉花立枯病发生后常导致棉苗成片死亡，病菌以分生孢子在棉籽短绒上越冬，少数以菌丝体潜伏于棉籽种皮内或子叶夹缝中越冬，种子带菌是重要的初侵染源。因此对棉花苗期病害防治应采取以农业防治为主、棉种处理与及时喷药防治为辅的综合防治措施。棉种萌发前侵染而造成烂种，萌发后末出土前被侵染而引起烂芽。棉苗出土后受害，初期在近土面基部产生黄褐色病斑，病斑逐渐扩展包围整个基部呈明显缢缩，病苗萎蔫倒伏枯死。拔起病苗，茎基部以下的皮层均遗留土壤中，仅存尖纫的鼠尾状木质部。子叶受害后，多在子叶中部产生黄褐色不规则形病斑，常脱落穿孔。此病发生后常导致棉苗成片死亡。在病苗、死苗的茎基部及周围、土面常见到白色稀疏菌丝体
苗病害种类多，往往混合发生，因此对棉花苗期病害防治应采取以农业防治为主、棉种处理与及时喷药防治为辅的综合防治措施。棉种处理播种前必须精选高质量棉种，经硫酸脱绒，以消灭表面的各种病菌，汰除小籽、瘪粒、杂籽及虫蛀籽，再进行晒种30—60小时，以提高种子发芽率及发芽势，增强棉苗抗病力。
防治措施：(1)合理轮作、深耕改土2合理轮作能减少土壤中病原菌积累，可减轻发病。(2)适期播种、育苗移栽；在不误农时的前提下，适期播种，可减轻发病。(3)施足基肥、合理追肥：棉田增施有机肥，促进棉苗生长健壮，提高抗病力，能抑制病原菌侵染棉苗。(4)加强田问管理：出苗后应早中耕，一般在出苗70％左右要进行中耕松土，以提高土温，降低土湿，使土壤疏松，通气良好，有利于棉苗根系发育，抑制根部发病。阴雨天多时，及时开沟排水防渍。加强治虫，及时间苗、将病苗、死苗集中烧毁，以减少田问病菌传染。
