敌百虫虽然灭虫效果好，但使用不当的话，危害是很严重的，而且敌百虫对环境也有一定的危害作用。在使用中应避免这些不好的特性产生效果。
抑制胆碱酯酶，造成神经生理功能紊乱。出现毒蕈碱样和烟碱样症状。急性中毒：短期内接触大量引起急性中毒。表现有、头昏、食欲减退、恶心、呕吐、、腹泻、流涎、瞳孔缩小、呼吸道分泌物增多、多汗、肌束震颤等。重者出现肺水肿、脑水肿、昏迷、呼吸中枢麻痹。部分病例可有心、肝、肾损害。少数严重病例在意识恢复后数周或数月发生周围神经病。个别严重病例可发生迟发性猝死。可引起皮炎。血胆碱酯酶活性下降。慢性中毒：尚有争论。有神经衰弱综合征、多汗、肌束震颤等。血胆碱酯酶活性降低。
环境危害：对环境有危害，对水体可造成污染。
燃爆危险：本品可燃，有毒。
危险特性：遇明火、高热可燃。受热分解，放出氧化磷和氯化物的毒性气体。与强氧化剂接触可发生化学反应。
