（1）严格禁止使用化学合成的肥料（如尿素、二胺、过磷酸钙、磷酸二氢钾等等）。
（2）有机农业土壤培肥过程中使用的投入物质应满足国家有机产品标准部分GB/T19630.1-2005附录A中的要求。
（1）有机农业土壤培肥物质的来源主要有：a.农场自制并腐熟的堆肥或沤肥；b.经认证机构许可后从农场外购买的农家肥；c.通过有机认证或经认证机构许可的有机商品肥。但有机农业倡导尽量开发和使用种肥源。
（2）如果农场计划使用的投入物质未列入有机生产标准附录A中，那么申请认证的单位必须向认证机构申报，在认证机构参照标准附录D的要求对该物质进行评估并同意使用后，农场方可使用该物质。
在土壤培肥中还应注意人粪尿的使用范围。必须使用时，应当按照相关要求进行腐熟和无害化处理，并不得与作物食用部分接触。禁止在叶菜类、块茎类和块根类作物上施用。