第一是化学农药使用不当。近年来，蔬菜生产发展迅速，菜田，尤其是保护地具有优越的生态条件，导致病虫害发生程度高，速度蔓延极快。蔬菜病虫害的防治主要依靠化学农药，造成病虫抗性上升，天敌大量减少，严重破坏了菜田的生态平衡。在综合防治工作开展力度不够的地区，使用的农药品种单一、施药次数频繁、单位面积用药量加大，加之没有专门的菜田农药供应渠道，致使高毒、高残留农药的污染问题日益严重。
第二是化肥施用不当。氮肥过多，导致土壤、空气和水体污染，进而危及人体健康。污染的指标主要是硝酸盐的含量。
三是大环境引起的公害。主要指工业“三废”和病原微生物，它们主要通过空气、水和土壤这三种途径进行污染，不仅直接影响到蔬菜的生产发育，导致减产或绝收，而且“三废”中的有害物质还会在蔬菜上残留，在人体内积累，达到一定量即会引起中毒。
