(1)选择抗病品种：品种对黑星病的抗性存在着明显的差异，如天津黄瓜所选育的津春1号黄瓜有高抗黑星病的特性，最好与非瓜类作物实行2—3年轮作。从无病植株选留种子。
(2)种子消毒：可用55℃温水浸种15分钟，或25％多菌灵300倍液浸种1—2小时，清洗后催芽，也可用种子重量0.3％的50％多菌灵拌种。
(3)温室消毒：定植前半月用硫磺熏蒸消毒，每亩温室约用硫磺1500克，锯末3000克，分几处点燃，密闭熏蒸一夜，架材也可放室内同时消毒，或用150倍福尔马林150倍液淋洗消毒。
(4)土壤消毒：在育苗时按每平方米用25％多菌灵16克与10公斤细土拌匀。播种时用药土底铺上盖：定植前，每亩用50％多菌灵可湿性粉剂1～1.5公斤，加细土20公斤，拌匀后，撒入地里。
(5)药剂防治：可选用50％多菌灵500倍与50％甲霜灵800倍混合液，或70％甲基托布津1000倍液，或75％百菌清600倍液，或用百菌清烟剂。7—10天1次，连用2—3次。