1.棉种处理
播种前必须精选高质量棉种，经硫酸脱绒，以消灭表面的各种病菌，汰除小籽、瘪粒、杂籽及虫蛀籽，再进行晒种30—60小时，以提高种子发芽率及发芽势，增强棉苗抗病力。
2．如强耕作栽培管理
(1)合理轮作、深耕改土2合理轮作能减少土壤中病原菌积累，可减轻发病。
(2)适期播种、育苗移栽；在不误农时的前提下，适期播种，可减轻发病。
(3)施足基肥、合理追肥：棉田增施有机肥，促进棉苗生长健壮，提高抗病力，能抑制病原菌侵染棉苗。
(4)加强田问管理：出苗后应早中耕，一般在出苗70%左右要进行中耕松土，以提高土温，降低土湿，使土壤疏松，通气良好，有利于棉苗根系发育，抑制根部发病。阴雨天多时，及时开沟排水防渍。加强治虫，及时间苗、将病苗、死苗集中烧毁，以减少田问病菌传染。
3.药剂防治
棉苗在低温多雨情况下易发生多种病害，特别是寒流侵袭和长期阴雨连绵，大量发生病苗，死苗。因此在寒流及阴雨前及时喷药保护，一般在出苗80%左右应进行喷药，以后根据病情决定喷药次数及药剂种类和浓度。常用杀菌农药有10．25%一0．5%等量式波尔多液、38%恶霜菌酯、神奇不朽、30%甲霜恶霉灵、申嗪霉素等。使用方法：
①喷雾。发病初期，用10毫升30%甲霜恶霉灵时或适麦丹+5毫升神奇不朽或申嗪霉素15毫升+15毫升38%恶霜嘧铜菌酯对一桶水（15公斤），顺棉苗主茎喷雾，使药液顺主茎滴入土壤，连喷2～3次，间隔期10～15天，对于防治棉花苗期立枯病有特效。
②灌根。发病初期，用15毫升申嗪霉素+15毫升甲霜恶霉灵+15毫升38%恶霜嘧铜菌酯对一桶水灌根，连灌2～3次，间隔期5～7天。
③涂刷。用10毫升神奇不朽时或适麦丹+5毫升爱多收或15毫升申嗪霉素+15毫升38%恶霜嘧铜菌酯，对0.5公斤水，扒开棉棵周围的土使其露出病斑，用毛刷涂刷，连续涂刷2～3次，间隔期7～10天。
