蔬菜生产中的施肥策略以有机无机相结合的原则，有机肥的施用量要合理，而不要多多益善。首先掌握所施有机肥的养分含量，充分估算其对作物所供应的氮磷钾养分数量，要扣除有机肥所能提供的养分数量后，不足的部分再施用化学肥料补充，但是当前生产实践中，菜农往往不算有机肥养分只算化肥养分，而导致过量施肥的普遍问题。
关于有机无机的适当配比：以满足蔬菜作物周年所需氮素的供应量为例，有的国家提出：来自有机肥中的氮素比例占50%-60%为宜。粮农组织曾推荐：按照有机氮与无机氮之比为1∶（0.4-1），并以此确定有机肥与化肥的施用量。
针对菜地土壤的质量特征选择不同种类有机肥，新菜田应选用化学养分高、的发酵有机肥，如粪尿、绿肥、饼肥；老菜田应选用含秸秆丰富，经过堆沤发酵的缓效有机肥。有些连作障碍严重的老菜田采用秸秆生物反应堆技术效果很好，就是利用秸秆改善土壤物理性状，又补充了充足的碳源。在有机肥种类中，选用堆肥产品包括粪尿秸秆固体垃圾等，可提高蔬菜作物抗性和促根效应，改良土壤pH值和土壤结构，提高土壤有机质数量，钝化菜田重金属活性，减轻重金属污染风险。
有机肥施用时期：总的原则是针对有机肥具有缓效性的特点，将它作基肥或底肥施用，在播种或栽插前施用。不用它作追肥，要用化肥作追肥。为此要制定合理的基追肥比例，对于高产果菜类作物，适量减少基肥施用量，增加追肥施用量。
