1、根系发育不良或者出现根腐等土传病害。
雨水进棚或者露天番茄遭受雨水危害。雨水进棚后，能够造成沤根或者有害物质对根系造成损伤，特别是主根，可以拔出植株详细检查。感染土传病害，例如根腐病、枯黄萎病都能造成根系腐烂，也会使植株出现大量不定根系。
防治方法：及时将雨水排出，后期注意养护根系，可以冲施甲壳素、海藻酸等生根养根肥料；对于土传病害可以选择配方：恶甲水剂+松脂酸铜+甲壳素进行灌根。
2、感染细菌病害
细菌性髓部坏死病和青枯病，导致植株的维管束系统遭到破坏，植株会在茎秆上产生大量不定根系。
防治方法：关键在于预防，可以选择细菌药剂中生菌素、可杀得、氯溴异氰尿酸等药剂，同时可以灌根，中生菌素+松脂酸铜+甲壳素。
3、烧根
主要是底肥不科学，没有经过腐熟或者穴施农药不合理，导致烧根，也会使茎秆产生大量不定根系。
防治方法：冲施EM生物菌肥或者甲壳素，解害促进生长。
4、抑制剂过量使用
为控制植株生长，叶面喷雾一些控长剂，例如多效唑、B9、爱多收等药物，如果用量过重，植株长势受抑制过于严重，也会导致茎秆产生大量不定根系。
防治方法：提头促长，可以选择甲壳素+细胞分裂素叶面喷雾，效果显著。
