辣椒根系不发达，主要表现为主根粗，根量少，根系生长缓慢，直到2～3真叶时才有较多二次侧根。根群主要分布在植株周围45厘米、深度10～15厘米的土层中。露地栽培时株高多为40～60厘米。辣椒花为雌雄同花的两性花，自花授粉，天然杂交率在10％左右，为常异交植物。果实为浆果，圆锥形，但在植株营养不良、夜温低、日照弱、土壤干燥或栽植过密时，果实的肥大会受到抑制，形成小果或僵国果。即使正常果。在土壤干旱、施肥过多，植株吸收水分受到抑制时，果实也会变短。辣椒种子呈扁平状，微皱，肾状，淡黄或乳白色。种子寿命一般性5～7年，但使用年限仅为2～3年。
